Last-modified:2018/03/29 22:54:00.
ここにはコマンドについて調べたことを書く。 やりたいことからの逆引き的な情報は 使用法。
see Takeru Grid Engine 簡易操作マニュアル
submit a batch job to Sun Grid Engine.
see qsub.html.
modify a pending or running batch job of Sun Grid Engine.
主なオプション
qsub で指定可能なオプションと共通です。
-a [date] 実行開始日時を指定（書式は MMDDhhmm）
-cwd ジョブをカレントディレクトリで実行
-e [path] 標準エラーを指定したファイルに保存（デフォルトは“スクリプト名．e ジョブ ID”）
-j [y｜n] 標準出力と標準エラーを 1 つのファイルに保存
-m [mail option] ジョブがある状態になると実行ノードがメールで通知（デフォルトはメール通知なし）
a ジョブが中止になったとき、再スケジュールされたときにメールで通知
b ジョブの実行が始まったときにメールで通知
e ジョブの実行が終了したときにメールで通知
s ジョブがサスペンド・再開されたときにメールで通知
n メール通知なし
-N [job_name] ジョブ名の指定 （デフォルトはスクリプトファイル名）
-o [path] 標準出力を指定したファイルに保存（デフォルトは“スクリプト名．o ジョブ ID”）
-p [priority] ジョブのプライオリティを設定（デフォルトは 0）
-pe [pe_name] [num_proc]
並列ジョブ実行時の並列環境と使用プロセス数（並列ジョブについては後述）
-q [queue] 使用キューの指定（デフォルトは自動的に空いているキューに投入） 投げているキューを変更もできる。 ウチの環境ではキューと並列環境とコア数を同時に指定することが多いだろう。 44340 を変更する場合、
qalter -q Ag.q -pe Rh.openmpi 1 443407449 0.34397 vaspgeomop ippei dr 06/08/2015 08:44:58 Ga.q@Ga07.calc.atom 4
7450 0.34397 vaspgeomop ippei dr 06/18/2015 15:49:58 Ga.q@Ga04.calc.atom 4
7454 0.34397 vaspgeomop ippei dr 06/18/2015 19:31:58 Ga.q@Ga02.calc.atom 4こういう 「dr」状態でずっと残る。 なお、d は削除中、r は実行中？ 「qdel -f 7449」 などと試してみる。
実行ホストがダウンしているなど、通信できないので消せないとかかなあ。
管理者は -f オプションで問答無用に削除できる。 しかし、-f オプションで消したときに gridengine 全体の設定を吹き飛ばすことが多い気がする。 基本的にやらない。
待機中のジョブをホールドします。ホールド中のジョブは、実行可能な状態にするコマンド（qrls）を実行するまで待機 中の状態が維持されます。リソースが空いていてもホールド中のジョブがディスパッチされることはなく、その次に待機 中のジョブが先にディスパッチされます。 ジョブをホールドする権限を持つのは、そのジョブを投入したユーザアカウントか root アカウントのみです。また、ホ ールドの対象となるのは待機中のジョブのみです。
再開するには qrls
qhold と対。 hold 状態のジョブを再開。
クラスター全体の状態を表示。
HOSTNAME ARCH NCPU LOAD MEMTOT MEMUSE SWAPTO SWAPUS
-------------------------------------------------------------------------------
global - - - - - - -
Ag00.calc.atom lx26-amd64 4 4.01 15.4G 1.2G 15.9G 0.0
Ag01.calc.atom lx26-amd64 4 0.01 15.4G 280.9M 15.9G 0.0
(snip)submit an interactive login session to Sun Grid Engine.
実行中のジョブのサスペンド。 リソース占有状態のままなので、新しいジョブが入ったりしない。
再開するには qmod -us job_id
リソースの割り当てルールを扱う？
submit a copy of an existing Sun Grid Engine job.
同じディレクトリでジョブが追加発行される。 使い道がわからない。
submit an interactive rsh session to Sun Grid Engine.
空いてるホストを探して ssh コネクションを張り、対話的シェルで操作できるようにする。
キューとホストのリストを表示？
ippei@Re % qselect H [17-02-08 14:27:18]
Ag.q@Ag00.calc.atom
Ag.q@Ag01.calc.atom
Ag.q@Ag02.calc.atom
Ag.q@Ag03.calc.atom
Ag.q@Ag04.calc.atom
Ag.q@Ag05.calc.atom
Ag.q@Ag06.calc.atom
Ag.q@Ag07.calc.atom
Cd.q@Cd00.calc.atom
Cd.q@Cd01.calc.atom
ippei@Re % qselect -q Ag.q [17-02-08 14:27:02]
Ag.q@Ag00.calc.atom
Ag.q@Ag01.calc.atom
Ag.q@Ag02.calc.atom
Ag.q@Ag03.calc.atom
Ag.q@Ag04.calc.atom
Ag.q@Ag05.calc.atom
Ag.q@Ag06.calc.atom
Ag.q@Ag07.calc.atom
ippei@Re % qselect -pe Ag.openmpi [17-02-08 14:27:11]
Ag.q@Ag00.calc.atom
Ag.q@Ag01.calc.atom
Ag.q@Ag02.calc.atom
Ag.q@Ag03.calc.atom
Ag.q@Ag04.calc.atom
Ag.q@Ag05.calc.atom
Ag.q@Ag06.calc.atom
Ag.q@Ag07.calc.atom
# 起きていないホスト？
ippei@Re % qselect -qs u H [17-02-08 14:28:26]
Ag.q@Ag05.calc.atom
Cd.q@Cd05.calc.atom
Ga.q@Ga00.calc.atom
Ga.q@Ga01.calc.atom
Ga.q@Ga02.calc.atom
Ga.q@Ga03.calc.atom
Ga.q@Ga04.calc.atom
Ga.q@Ga05.calc.atom
Ga.q@Ga06.calc.atom
Ga.q@Ga07.calc.atom
# 起きていないホスト？
ippei@Re % qselect -qs E [17-02-08 14:29:52]
Cd.q@Cd05.calc.atom
Ge.q@Ge02.calc.atom
Kr.q@Kr02.calc.atom
Pd.q@Pd00.calc.atom
Pd.q@Pd01.calc.atom
Pd.q@Pd02.calc.atom
Pd.q@Pd03.calc.atom
Pd.q@Pd04.calc.atom
Pd.q@Pd10.calc.atom
Ru.q@Ru09.calc.atom
Se.q@Se00.calc.atom
Sr.q@Sr00.calc.atom
Sr.q@Sr07.calc.atomキューの状態を知る
see qstat.html.